Испания, 1944 год. В густых лесах Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. В это неспокойное время юная Офелия, десятилетняя мечтательница с богатым воображением, прибывает вместе с беременной матерью Кармен в военный лагерь. Их принимает отчим девочки, капитан Видаль — безжалостный офицер франкистской армии, одержимый идеей уничтожения повстанцев. В этом суровом мире Офелия находит утешение в сказках и неожиданно открывает поблизости таинственный заброшенный лабиринт.
В глубине древнего лабиринта девочку встречает волшебная фея, которая приводит её к Фавну, хранителю подземного царства. Загадочное существо открывает Офелии удивительную тайну: она — потерянная принцесса магического королевства, чей отец веками искал свою дочь. Фавн предлагает ей шанс вернуться в родное измерение, но для этого необходимо выполнить три непростых испытания до наступления полнолуния. Самое главное условие — абсолютная секретность, ведь никто из смертных не должен узнать о её миссии.